Στις αρμοδιότητες του Πολιτικού Γραφείου του Πρωθυπουργού εντασσόταν κυρίως η διευκόλυνση της επικοινωνίας των πολιτών με τους φορείς της δημόσιας διοίκησης και η προώθηση των υποθέσεών τους. Κατά συνέπεια στο αρχείο συγκεντρώνονται διάφορα αιτήματα προσφύγων, προσφυγικών συλλόγων και σωματείων που αφορούν την επίλυση ζητημάτων του προσφυγικού πληθυσμού.
Επιπλέον, το Πολιτικό Γραφείο λειτουργώντας επικουρικά στο έργο του πρωθυπουργού διεκπεραίωνε και υποθέσεις που σχετίζονταν με την εξωτερική πολιτική του ελληνικού κράτους. Έτσι, στο αρχείο έχουν διασωθεί σημαντικά έγγραφα που σκιαγραφούν τις ενέργειες της ελληνικής διπλωματίας, ιδιαίτερα της περιόδου 1917-1923. Υπενθυμίζεται ότι κατά την παραπάνω περίοδο σημειώθηκαν γεγονότα-ορόσημα για τη σύγχρονη ιστορία του ελληνικού κράτους: η συμμετοχή της Ελλάδας στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η εδαφική επέκταση στη Θράκη και τη Μικρά Ασία, η υπογραφή της Συνθήκης των Σεβρών, η στρατιωτική ήττα στο Μικρασιατικό Μέτωπο, ο ξεριζωμός του ελληνικού πληθυσμού και η υπογραφή της Σύμβασης ανταλλαγής των πληθυσμών και της Συνθήκης Ειρήνης στη Λωζάννη. Το Πολιτικό Γραφείο ήταν επίσης μέρος του προπαγανδιστικού μηχανισμού στήριξης των διεκδικήσεων της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσονται φάκελοι του αρχείου και έγγραφα για τις εθνικές διεκδικήσεις σε Μικρά Ασία, Πόντο και Θράκη, την παροχή στατιστικών στοιχείων του ελληνορθόδοξου πληθυσμού των παραπάνω περιοχών για την στήριξη των ελληνικών αιτημάτων στη συνδιάσκεψη ειρήνης στο Παρίσι κ.ά.
Η υπηρεσία του Πολιτικού Γραφείου συγκέντρωνε ακόμη και πληροφορίες που αφορούσαν τις επιχειρήσεις και την οργάνωση του ελληνικού στρατεύματος, αλλά και την εσωτερική ασφάλεια της χώρας. Έτσι, υπάρχουν φάκελοι με πληροφορίες για τις επιχειρήσεις των ελληνικών δυνάμεων στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και στη Μικρασιατική Εκστρατεία με χάρτες διάταξης των ελληνικών, συμμαχικών και εχθρικών στρατευμάτων.
Σημαντικά στοιχεία μπορούν να αντληθούν, επίσης, από το υλικό του αρχείου για την κοινωνική ιστορία της χώρας. Για παράδειγμα, η αποκατάσταση των προσφύγων μετά το 1922, ο πόνος του χαμού συγγενών τους και η εχθρική διάθεση των ντόπιων απέναντί τους είναι ζητήματα που διαπερνούν το υλικό του αρχείου. Υπάρχουν λοιπόν φάκελοι της Επιτροπής Αποκατάστασης Προσφύγων και της Ανώτατης Διεύθυνσης Προσφύγων, πληθώρα υπομνημάτων προσφυγικών οργανώσεων, ενώ ιδιαίτερη μνεία πρέπει να γίνει στους φακέλους με αιτήσεις συγγενών ελλήνων στρατιωτών και προσφύγων με τις οποίες ζητούσαν πληροφορίες για την τύχη των δικών τους που δεν είχαν επιστρέψει από τη Μικρά Ασία. Στοιχεία υπάρχουν και για την περίθαλψη και αποκατάσταση των προσφύγων πριν από το 1922, για τη μεταφορά του ελληνικού πληθυσμού που είχε συγκεντρωθεί στον Καύκασο και τη νότια Ρωσία, για την παλιννόστηση των προσφύγων στις εστίες τους, για τους κεμαλικούς διωγμούς των ελληνορθόδοξων πληθυσμών, για την οργάνωση της ελληνικής διοίκησης στη Μικρά Ασία και την Ανατολική Θράκη, κ.ά.

Το αρχείο περιλαμβάνει κώδικες, φιρμάνια, πατριαρχικά γράμματα, βεράτια και διάφορα άλλα τεκμήρια που παρήχθησαν ή συγκεντρώθηκαν από τα λειτουργούντα στο πλαίσιο της οθωμανικής διοίκησης εκκλησιαστικά και κοινοτικά όργανα του ελληνορθόδοξου μιλλέτ των περιοχών της Μικράς Ασίας, του Πόντου και της Ανατολικής Θράκης.
Ο κύριος όγκος του αρχειακού υλικού αποτελείται κυρίως από κώδικες των κατά τόπους εκκλησιών και κοινοτήτων του ελληνορθόδοξου πληθυσμού, αφορούν τον 19ο αιώνα και φτάνουν έως το 1922. Το υλικό χωρίζεται, κατά κύριο λόγο, σε δύο κατηγορίες, τους κοινοτικούς και τους εκκλησιαστικούς κώδικες. Οι κοινοτικοί κώδικες περιλαμβάνουν πρακτικά συνεδριάσεων της δημογεροντίας, κανονισμούς σωματείων, πωλητήρια, δωρητήρια, συμβόλαια δασκάλων, έξοδα συντήρησης σχολείων, καταλόγους βιβλιοθηκών, πατριαρχικές εγκυκλίους κ.λπ. αλλά και πληροφορίες για δοσοληψίες με την οθωμανική εξουσία μέσω των φόρων και των απογραφών. Στους εκκλησιαστικούς κώδικες καταγράφονται έσοδα και έξοδα, βαπτίσεις, γάμοι, διαθήκες, θέματα διαχείρισης της εκκλησιαστικής και μοναστικής περιουσίας, το φιλανθρωπικό έργο αλλά και τα ιερά σκεύη και τα κτήματα των εκκλησιών και μοναστηριών ενόψει της ανταλλαγής πληθυσμών.
Στο αρχείο εκτός από τους κώδικες διασώζονται φιρμάνια, βεράτια και πατριαρχικά γράμματα κυρίως από τις περιοχές της Καππαδοκίας, του Πόντου, της Κιλικίας, της Ανατολικής Θράκης και της Βιθυνίας που αποτυπώνουν το πλαίσιο των σχέσεων των κοινοτικών και εκκλησιαστικών οργάνων του ελληνορθόδοξου μιλλέτ με την οθωμανική διοίκηση και το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Φάκελος 1
Έκθεση του 1929, υποβληθείσα στον πρωθυπουργό Ελευθέριο Βενιζέλο, με την οποία ο Θ. Θεοφύλακτος τον ενημερώνει για την κατάσταση των πληθυσμών της Ανατολικής Μακεδονίας και της Θράκης και για τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν. Επιστολή παραίτησης από τη θέση του Υπουργού Γενικού Διοικητή Θράκης, βιβλία και έντυπα σχετικά με την ιστορία του Πόντου.