Το αρχείο περιλαμβάνει κώδικες, φιρμάνια, πατριαρχικά γράμματα, βεράτια και διάφορα άλλα τεκμήρια που παρήχθησαν ή συγκεντρώθηκαν από τα λειτουργούντα στο πλαίσιο της οθωμανικής διοίκησης εκκλησιαστικά και κοινοτικά όργανα του ελληνορθόδοξου μιλλέτ των περιοχών της Μικράς Ασίας, του Πόντου και της Ανατολικής Θράκης.
Ο κύριος όγκος του αρχειακού υλικού αποτελείται κυρίως από κώδικες των κατά τόπους εκκλησιών και κοινοτήτων του ελληνορθόδοξου πληθυσμού, αφορούν τον 19ο αιώνα και φτάνουν έως το 1922. Το υλικό χωρίζεται, κατά κύριο λόγο, σε δύο κατηγορίες, τους κοινοτικούς και τους εκκλησιαστικούς κώδικες. Οι κοινοτικοί κώδικες περιλαμβάνουν πρακτικά συνεδριάσεων της δημογεροντίας, κανονισμούς σωματείων, πωλητήρια, δωρητήρια, συμβόλαια δασκάλων, έξοδα συντήρησης σχολείων, καταλόγους βιβλιοθηκών, πατριαρχικές εγκυκλίους κ.λπ. αλλά και πληροφορίες για δοσοληψίες με την οθωμανική εξουσία μέσω των φόρων και των απογραφών. Στους εκκλησιαστικούς κώδικες καταγράφονται έσοδα και έξοδα, βαπτίσεις, γάμοι, διαθήκες, θέματα διαχείρισης της εκκλησιαστικής και μοναστικής περιουσίας, το φιλανθρωπικό έργο αλλά και τα ιερά σκεύη και τα κτήματα των εκκλησιών και μοναστηριών ενόψει της ανταλλαγής πληθυσμών.
Στο αρχείο εκτός από τους κώδικες διασώζονται φιρμάνια, βεράτια και πατριαρχικά γράμματα κυρίως από τις περιοχές της Καππαδοκίας, του Πόντου, της Κιλικίας, της Ανατολικής Θράκης και της Βιθυνίας που αποτυπώνουν το πλαίσιο των σχέσεων των κοινοτικών και εκκλησιαστικών οργάνων του ελληνορθόδοξου μιλλέτ με την οθωμανική διοίκηση και το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Βιβλία και λίγα λυτά έγγραφα που περιέχουν, κυρίως, πρακτικά και ευρετήρια Πρωτοβάθμιων και Δευτεροβάθμιων Εκτιμητικών Επιτροπών των Ανταλλαξίμων με τις δηλώσεις των αιτούντων και ευρετήρια διαφόρων νομών. Επίσης, περιλαμβάνονται ονομαστικά ευρετήρια αποζημιωθέντων αστών προσφύγων, πρακτικά επιτροπών κληρονομικών μεριδίων και ευρετήρια ισχυουσών περικοπών αξίας εκιμηθέντων περιουσιών, βιβλία του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου Ανταλλαγής