Στις 29 Σεπτεμβρίου 1923 υπογράφτηκε το Πρωτόκολλο της Γενεύης ανάμεσα στην Ελληνική Κυβέρνηση και την Κοινωνία των Εθνών. Βάσει του Πρωτοκόλλου η Ελλάδα ανέλαβε την υποχρέωση να ιδρύσει την Επιτροπή Αποκαταστάσεως Προσφύγων (Ε.Α.Π) η οποία επωμίσθηκε το έργο της εγκατάστασης των προσφύγων. Η Ε.Α.Π. ήταν νομικό πρόσωπο, δεν εξαρτιόταν από οποιαδήποτε ελληνική εκτελεστική ή διοικητική αρχή αλλά ήταν αυτόνομος οργανισμός. Τη διοίκησή της ανέλαβαν δύο Έλληνες, διορισμένοι από την Ελληνική Κυβέρνηση, και δύο ξένοι, διορισμένοι από την Κοινωνία των Εθνών. Ο πρόεδρος της επιτροπής ήταν Αμερικανός πολίτης, αντιπρόσωπος οργανώσεων περιθάλψεως. Πρώτος πρόεδρος ορίστηκε ο Henry Morgenthau και μέλη ο εκπρόσωπος της Τράπεζας της Αγγλίας John Campbell, ο Στέφανος Δέλτας και ο Περικλής Αργυρόπουλος. Ο αριθμός των υπαλλήλων της ΕΑΠ ανερχόταν σε 784 το 1924, ενώ ξεπερνούσαν τους 2.000 το 1928 και το 1929. Περί τα τέλη του 1930 η Ε.Α.Π. ανέστειλε τις εργασίες της, μεταβιβάζοντας με ειδική σύμβαση στο Ελληνικό Δημόσιο την περιουσία της και τις υποχρεώσεις της έναντι των προσφύγων.
Για τον καταμερισμό των εργασιών της διαίρεσε τις υπηρεσίες της σε 3 διευθύνσεις: α) Διεύθυνση Οικονομικών, β) Διεύθυνση Αγροτικής Εγκατάστασης Προσφύγων και γ) Διεύθυνση Αστικής Εγκατάστασης Προσφύγων.
Η Διεύθυνση Αγροτικής Εγκατάστασης, στελεχωμένη από υπαλλήλους του Υπουργείου Γεωργίας, είχε τη φροντίδα της οργάνωσης και παρακολούθησης ζητημάτων εγκατάστασης των αγροτών προσφύγων σ’ όλη την Ελλάδα. Για την αρτιότερη οργάνωσή της συστάθηκαν τρεις Γενικές Διευθύνσεις Εποικισμού: α) Γενική Διεύθυνση Εποικισμού Μακεδονίας με έδρα τη Θεσσαλονίκη και 17 Γεωργικά Γραφεία Εποικισμού, β) Γενική Διεύθυνση Εποικισμού Θράκης με έδρα την Κομοτηνή και 5 Γεωργικά Γραφεία Εποικισμού και γ) Γενική Διεύθυνση Εποικισμού Κρήτης με έδρα τα Χανιά και 4 Γεωργικά Γραφεία Εποικισμού (Χανίων, Ρεθύμνου, Ηρακλείου και Αγίου Νικολάου). Άλλα 14 Εποικιστικά Γραφεία εκτελούσαν την εγκατάσταση των προσφύγων στη Στερεά, στη Θεσσαλία, στην Πελοπόννησο, την Ήπειρο και τα νησιά. Όλων των Εποικιστικών Γραφείων προϊστάμενος ήταν γεωπόνος.
Η Ελληνική Κυβέρνηση εκχώρησε στην Ε.Α.Π. γαίες εκτάσεως 5.000.000 στρεμμάτων, προερχόμενες α) από δημόσιες γαίες, β) από κτήματα ανταλλάξιμων Μουσουλμάνων που περιήλθαν στην κυριότητα του Ελληνικού Δημοσίου δυνάμει της σύμβασης «Περί ανταλλαγής των ελληνικών και τουρκικών πληθυσμών», της 30ής Ιανουαρίου 1923, γ) από κτήματα που εξαγοράστηκαν από Οθωμανούς υπηκόους, δ) από ιδιωτικές γαίες που είχαν απαλλοτριωθεί ή επιταχθεί δυνάμει της αγροτικής μεταρρύθμισης και δ) από κτήματα Βουλγάρων που είχαν αποχωρήσει από το ελληνικό έδαφος δυνάμει της συμβάσεως Νεϊγύ που είχε υπογραφεί από την Ελλάδα και τη Βουλγαρία.
Της διατέθηκαν, επίσης, δύο εξωτερικά δάνεια, το δάνειο του 1924 και του 1928. Το δάνειο του 1924 ήταν ονομαστικού κεφαλαίου 12.300.000 λιρών Αγγλίας, με επιτόκιο 7% και έκδοση 88%. Η υπηρεσία του δανείου θα εξασφαλιζόταν από τις προσόδους των μονοπωλίων των Νέων Χωρών, δηλ. αλατιού, σπίρτων, τραπουλόχαρτων, τσιγαρόχαρτου και τις εισπράξεις των τελωνείων των Χανίων, του Ηρακλείου, της Σάμου, της Χίου, της Μυτιλήνης και της Σύρου, τον φόρο καπνού και χαρτοσήμων των Νέων Χωρών και τον φόρο οινοπνεύματος ολόκληρης της Ελλάδας.
Το προσφυγικό δάνειο του 1928 ήταν μέρος του λεγόμενου «σταθεροποιητικού» δανείου που συνάφθηκε για τη σταθεροποίηση του ελληνικού νομίσματος, την κάλυψη των ελλειμμάτων του προϋπολογισμού και τη συνέχιση της εγκατάστασης των προσφύγων. Το ονομαστικό κεφάλαιο του δανείου ανερχόταν σε 4.070.960 λίρες Αγγλίας και σε 17.000.000 δολάρια με επιτόκιο 6% και έκδοση 91%. Το 1/3 του δανείου διατέθηκε για την εγκατάσταση των προσφύγων και εισπράχθηκε από την Ε.Α.Π.
Σύμφωνα με το Πρωτόκολλο της Γενεύης οι αγροτικές προσφυγικές οικογένειες δικαιούνταν :
α) Παραχώρηση βιώσιμου γεωργικού κλήρου από τις εκτάσεις που είχε εκχωρήσει το Ελληνικό Δημόσιο στην Ε.Α.Π για τον σκοπό αυτό. Η έκταση του γεωργικού κλήρου ποίκιλε ανάλογα με το είδος της καλλιέργειας και την ποιότητα του εδάφους. Οι εγκατεστημένοι αγρότες εφοδιάζονταν με προσωρινά παραχωρητήρια (τίτλος κατοχής). Ο τίτλος κυριότητος παραχωρήθηκε αργότερα, αφού έγινε ο κτηματικός χάρτης των κλήρων που παραχωρήθηκαν, η υλοποίηση της διαδικασίας χρέωσης προσφύγων για την τιμή της γης, η αποπληρωμή του χρέους και ο συμψηφισμός των αγροτικών αποζημιώσεων.
β) Εξασφάλιση στέγασης με ανέγερση κατοικιών αγροτικού τύπου. Οι κατοικίες αυτές ανεγείρονταν είτε με εργολαβίες είτε με το σύστημα της αυτεπιστασίας, οπότε οι κατά τόπους υπηρεσίες της Ε.Α.Π. παρείχαν τις αναγκαίες οικοδομικές ύλες και χρηματικό δάνειο στους ενδιαφερόμενους πρόσφυγες. Όπου υπήρχαν μουσουλμανικά ανταλλάξιμα ή βουλγαρικά εγκαταλειμμένα, αυτά, αφού επισκευάζονταν με δαπάνες της Ε.Α.Π, παραχωρούνταν στους αγροτικά εγκατεστημένους πρόσφυγες.
γ) Εφοδιασμό με τους απαιτούμενους σπόρους, ζώα (φόρτου, άροσης, αναπαραγωγής), γεωργικά εργαλεία, λιπάσματα, νομή για τα ζώα και τα απαραίτητα για συντήρηση αυτών των ίδιων μέχρι των αποτελεσμάτων της πρώτης καλλιέργειας.
Τα οικήματα που παραχωρήθηκαν, τα εφόδια και τα δάνεια χρεώνονταν στο νομικό πρόσωπο της ομάδας (συνολική αξία των δανείων σε χρήμα και είδος για τα μέλη της ομάδας) και σε κάθε μέλος της ομάδας (αξία των ειδών και αντίτιμο χρηματικών δανείων που έπαιρνε ο αρχηγός της οικογένειας). Έπρεπε να εξοφληθούν σταδιακά με μικρές τοκοχρεολυτικές δόσεις προς 13%, (8%τόκος και 5% για έξοδα διαχείρισης). Η χρέωση των κλήρων που παραχωρήθηκαν έγινε αργότερα δεδομένου ότι η ακριβής έκταση τους ήταν άγνωστη λόγω έλλειψης κτηματικού χάρτη της χώρας.
Η χρέωση των προσφυγικών οικογενειών με τα έξοδα εγκατάστασης αποτέλεσε σοβαρό πρόβλημα για τη βιωσιμότητά τους. Οξύνθηκε επικίνδυνα το 1930 και το κράτος υποχρεώθηκε να προβεί το 1937 σε νομοθετική ρύθμιση για τη μείωση των προσφυγικών χρεών γιατί μετά τη διάλυση της Ε.Α.Π., 1930, τα χρέη αυτά δεν παραγράφτηκαν. Την είσπραξή τους ανέλαβε η Αγροτική Τράπεζα που είχε ιδρυθεί το 1929.
Η Ε.Α.Π. άρχισε τις εργασίες της τέλος του 1923 ( το συμβούλιό της συνήλθε σε πρώτη συνεδρίαση στη Θεσσαλονίκη στις 11/11/1923) & μέχρι την 1/1/1929 είχαν αποκατασταθεί 551.468 άτομα σε 1954 συνοικισμούς. Η αρμόδια επιτροπή του Υπουργείου Γεωργίας, που φρόντιζε για την αποκατάσταση των προσφύγων, είχε θέσει ένα γενικό κριτήριο για τον τρόπο που θα έπρεπε να γίνει η νέα μετακίνηση και η επιλογή του οριστικού πλέον τόπου εγκατάστασής τους, ώστε να προσαρμοστούν γρήγορα στις νέες συνθήκες της ζωής τους. Η εγκύκλιος που είχε σταλεί στις νομαρχίες ήταν σαφής: «Η Επιτροπή θεωρεί ότι η κατά το δυνατόν ανασύστασις των κοινοτήτων είναι βασικός όρος δια την επιτυχίαν της μονίμου εγκαταστάσεως των προσφύγων. Διότι οι εκ της αυτής κοινότητος κάτοικοι συνδέονται μετ' αλλήλων δια δεσμών αλληλεγγύης, ηθικών και οικονομικών, οίτινες τα μέγιστα διευκολύνουσι την επιτυχίαν της νέας εγκαταστάσεως, μάλιστα όταν λαμβάνεται πρόνοια ώστε αι φυσικαί συνθήκαι του νέου συνοικισμού να είναι παρόμοιοι προς τας συνθήκας του συνοικισμού εν ω ήσαν εγκατεστημένοι ο πρόσφυγες».
Η δημιουργία συνοικισμού απαιτούσε την ύπαρξη τουλάχιστον δέκα οικογενειών προσφύγων, των οποίων οι αρχηγοί είχαν την υποχρέωση να εκλέξουν μια επιτροπή που θα τους αντιπροσώπευε στις υποθέσεις τους με την ΕΑΠ και τις υπηρεσίες του κράτους. Για την επιλογή της κατάλληλης τοποθεσίας η ΕΑΠ ερχόταν σε συνεννόηση με τους αντιπροσώπους των προσφυγικών ομάδων και στη συνέχεια αναλάμβανε τη μεταφορά των προσφύγων στην τοποθεσία που είχε επιλεγεί. Κριτήριο για την επιλογή της κατάλληλης θέσης ήταν, στο βαθμό που μπορούσε να εφαρμοστεί, η ειδίκευση των προσφύγων σε συγκεκριμένους τύπους καλλιέργειας. Έτσι, καπνοκαλλιεργητές από τις περιφέρειες της Σμύρνης και της Νικομήδειας εγκαταστάθηκαν κυρίως στα εδάφη της ανατολικής Μακεδονίας και της Θράκης, σηροτρόφοι σε κτήματα του Σουφλίου και της Έδεσσας, ενώ πρόσφυγες ειδικευμένοι στην καλλιέργεια της σουλτανίνας εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη.
