Γεννήθηκε στις 8 Ιουλίου 1851 στην Κωνσταντινούπολη από τον Ιωάννη Γεδεών (1812-1878, κάλφα ή αρχιτέκτονα το επάγγελμα) και την Άννα, οι οποίοι κατάγονταν από την Λέρο. Παντρεύτηκε την Ευγενία Λαγουδάκη και απέκτησαν δύο κόρες την Σοφία και την Ισαβέλλα. Το 1921 εγκαταστάθηκε με την οικογένειά του στην Αθήνα, όπου και απεβίωσε το 1943.
Απόφοιτος της Μεγάλης του Γένους Σχολής (1863-1869), συνεργάστηκε αρχικά με εφημερίδες και περιοδικά της Πόλης. Ένα από τα πρώτα του δημοσιεύματα φιλοξένησε η εφημερίδα Ομόνοια του Β. Γαβριηλίδη τον Μάιο του 1870. Αρθρογράφησε επίσης
στην Πανδώρα, την Κωνσταντινούπολη, την Μικρά Ασία και την Ανατολή. Ο ίδιος εξέδωσε την εφημερίδα Πρωία (1876). Καθοριστική όμως ήταν η συμβολή του στην περιοδική έκδοση της Εκκλησιαστικής Αλήθειας, το επίσημο όργανο του Πατριαρχείου, όπου προσελήφθη, ήδη από το 1880, από τον Πατριάρχη Ιωάννη Γ΄. Έκτοτε διετέλεσε αρχισυντάκτης, διευθυντής και επίτιμος διευθυντής της μέχρι το 1920.
Μελέτησε ιδιαίτερα την ιστορία του Οικουμενικού Πατριαρχείου μετά την Άλωση, καθώς και τις σχέσεις της ελληνικής κοινότητας μαζί του. Ασχολήθηκε επίσης με τον ελληνισμό της Κωνσταντινουπόλεως και των άλλων Εκκλησιών και κοινοτήτων της Ανατολής.
Ερεύνησε δημόσια και ιδιωτικά αρχεία, συνέλεξε χειρόγραφα, περιέγραψε μνημεία και τόπους, λαϊκές παραδόσεις και αναμνήσεις για την Κωνσταντινούπολη και την ευρύτερη περιοχή, από την περίοδο της Τουρκοκρατίας μέχρι και το 1900.
Για την μελέτη κωδίκων και χειρογράφων, πραγματοποίησε περιοδείες στο Άγιο Όρος, την Πάτμο, τα νησιά της θάλασσας του Μαρμαρά, τα παράλια της Προποντίδας, τη Βιθυνία, την Θεσσαλονίκη, την Θράκη και τις Μικρασιατικές επαρχίες. Εργασίες του δημοσιεύθηκαν σε ημερολόγια, εγκυκλοπαίδειες, περιοδικά και εφημερίδες ή εκδόθηκαν σε αυτοτελείς μελέτες και συνολικά αριθμούν πάνω από 800. Χρησιμοποίησε τα ψευδώνυμα Βυζάντιος, Συνέσιος κ.ά, ενώ δημοσίευε και ανωνύμως.
Ήδη από το 1871 έγινε πρόεδρος του Φιλολογικού Συλλόγου «Πιερία», το 1873 συμμετείχε ως ιδρυτής και ταμίας στον «Σύλλογο των Μεσαιωνικών Ερευνών» (μετέπειτα «Σύλλογος Μεσαιωνικών Σπουδών») και το 1874 ορίσθηκε πρόεδρος του συλλόγου «Σωκράτης». Το 1926 ίδρυσε στην Αθήνα τον Σύλλογο Μεσαιωνικών Γραμμάτων του οποίου και διετέλεσε πρόεδρος μέχρι τον θάνατό του.
Ως αναγνώριση της αφοσίωσής του στην έρευνα γύρω από την ιστορία του Πατριαρχείου, έλαβε από τον Πατριάρχη Κωνσταντίνο Ε΄ το αξίωμα του Μεγάλου Χαρτοφύλακος (1897), και από τον Πατριάρχη Ιωακείμ, τον διορισμό του ως Χρονογράφου της Μεγάλης Εκκλησίας (1901), θέση που ιδρύθηκε ειδικά για αυτόν. Έλαβε επίσης τον τίτλο του Υπομνηματογράφου της Εκκλησίας Ιεροσολύμων από τον Πατριάρχη Δαμιανό (1919). Η επιστημονική του έρευνα έλαβε διεθνή αναγνώριση με την εκλογή του ως αντεπιστέλλοντος μέλους στο ιστορικό τμήμα της Ρουμανικής Ακαδημίας (1891) και ως μέλους της Ακαδημίας της Ρουέν (1893). Το 1903 ονομάσθηκε αξιωματικός της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως από το Υπουργείο Παιδείας της Γαλλίας. Το 1929 εξελέγη πρόσεδρο μέλος της Ακαδημίας Αθηνών.
Κάποια από τα σημαντικότερα αυτοτελή έργα του είναι:
Μεσαιωνικά ανάλεκτα (1874), Χρονικά της Πατριαρχικής Ακαδημίας (1883), Χρονικά του Πατριαρχικού οίκου και του ναού (1884), Ο Άθως. Αναμνήσεις, έγγραφα, σημειώσεις (1885), Η Ζωοδόχος Πηγή και τα ιερά αυτής προσαρτήματα (1886, με το ψευδ. Ευγένιος ιερεύς), Πατριαρχικοί πίνακες (1890), Αποσημειώματα χρονογράφου, 1800-1913 (1932), Μνεία των προ εμού, 1800-1863-1913 (1936), Ειδήσεις εκ της ημετέρας εκκλησιαστικής ιστορίας, 1500-1912 (1936-1938, 5 τεύχη), Πατριαρχικαί εφημερίδες, 1500-1912 (1938), Κύριλλος ο Λούκαρης (1938), Ιστορία των του Χριστού πενήτων, 1453-1913 (1939 κ.ε., σε τεύχη) κ.ά.
[Πηγές: Φ. 3.1 του αρχείου όπου βρίσκονται τα δημοσιεύματα: Γ. Βαλέτας, Μανουήλ Ιω. Γεδεών, ανάτυπο από τη Νέα Εστία, τχ. 396 1.12.1943), τχ. 396)· Μανουήλ Γεδεών ο Άρχων τιμάται στη γη των πατέρων του, ανατύπωση από τα Λεριακά Νέα τχ. 68 (Απρίλιος 1982)· Λεριακά, τόμ. Α΄, Εις μνήμην Μανουήλ Γεδεών, Αθήνα 1986· Φ. 3.4 του αρχείου, όπου βρίσκεται χειρόγραφο αταύτιστο βιογραφικό σημείωμα του Μ. Γεδεών και το έργο του Χ.Γ. Πατρινέλη, Δημοσιεύματα Μανουήλ Γεδεών Αναλυτική περιγραφή, Αθήναι 1974· Α. Ζήρας, «Γεδεών, Μανουήλ», Λεξικό Νεοελληνικής Λογοτεχνίας, Αθήνα, Πατάκης, 2007, σ. 360].
«
